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征管不力仅仅是导致土地增值税清算难的原因之一。土地增值税之所以占我国全年房地产销售额比例极低的另一原因，则是很多地产商学会了如何利用税收政策上的漏洞，“合理”避税。
“很多地产公司有能力把成本"做"得很高。”刘福元告诉《每日经济新闻》记者，在充分理解、掌握土地增值税的规定下，大幅降低土地增值税的应纳税额，是目前很多地产公司的常规做法。他透露，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（以下简称“实施细则”），清算土地增值税时，包括前期费用、工程费用、间接费用等六项费用可以扣除，很多地产公司就在这些费用上做文章，把公司的成本做得很高。这样一来，所需要缴纳土地增值税自然而然就变得很少。
他举了一个例子，很多地产集团公司会把部分集团员工的工资和福利列入到项目开发间接费用以达到避税目的。还有一些地产公司还根据上述“实施细则”中的“凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。”的条例规定，来做高销售费用。上述地产公司往往会选择将自己所开发的房地产项目，委托给有自己控制的代理公司实施销售，然后以“无法分摊费用”为由，要求按照总扣除项目的10%来计算销售费用。如此一来，项目的利润就大幅减少，需要实际缴纳的土地增值税也就大大降低。
刘福元说，房地产项目在实施过程中，虚增费用减少土地增值税实际缴纳额的现象，很容易被税务部门发现并处以严厉处罚。因此，多数地产公司往往是从项目开始规划时，就已经做好了前期的税收筹划工作，通过貌似“合理、合法”的方式避税，来减少土地增值税实际应交税费。
一是以虚构零星工程的名义，使用外购发票入账报销的方法，大量套取现金，用于发放补贴、年终双薪和年终奖等。
二是虚构工作人员名单领取工资。如该房地产集团有些高级管理人员一人用两人名，或者更多，把工资收入一分为二降低个人所得税税负。
三是未按规定的人员比例和额度列支通信补贴。根据税法相关规定，企业可按本单位正式在册人数的5%比例，凭电信部门开具的发票或其他适当的单据，准予在计征个人所得税前，扣除住宅电话费每人每月补贴不超过60元、无线电话费补贴每人每月不超过400元以及无线传呼数码机台费。超过范围和标准的部分话费补贴，将依法计征个人所得税。而该房地产集团虽按单位全部人员（包括正式在册和临时员工）的比例和标准列支通信补贴，却没能提供电信部门开具的相关发票和单据。
四是以内部优惠价向员工售卖房产。如该公司将一套市价50万元的房屋，以内部优惠形式40万元卖给某员工，其中的差额10万元没有计缴个人所得税。根据税法相关规定，单位以低于市场价格将住房出售给职工，其市价与个人购买价之间的差额部分，应并入个人工资薪金收入计缴个人所得税，即从购房当月起，个人取得的差额部分收入在不超过12个月的期限内平均分摊计入各月工资薪金所得计征个人所得税，并在纳税申报时做出说明。
税务部门提醒，根据《征管法》规定，任何个税的扣缴单位采取不正当手法隐瞒收入，应扣而未扣税款的，最高可处三倍罚款。（中房商学院房地产培训）
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